Sekretariat Badan adalah unit eselon II di lingkungan Badan Pendidikan dan Pelatihan Keuangan sebagai unit pendukung dalam penyelenggaraan pendidikan dan pelatihan di Pusdiklat, STAN, dan Balai Diklat Keuangan. Sekretariat BPPK dipimpin oleh Sekretaris Badan dan membawahi lima pejabat Eselon III, yaitu Kepala Bagian Teknologi Informasi dan Komunikasi (TIK), Kepala Bagian Organisasi dan Tata Laksana (OTL), Kepala Bagian Umum, Kepala Bagian Keuangan dan Kepala Bagian Kepegawaian.

Sekretariat Badan merupakan koordinator dalam kegiatan validasi semua program diklat yang diselenggarakan oleh Pusdiklat yang ada di BPPK. Validasi dilakukan untuk menjamin bahwa semua program diklat telah sesuai dengan standar yang ada dan dapat dipenuhi segala sarana dan prasarana pendukungnya. Semua program diklat yang telah dijalankan oleh Pusdiklat maupun Balai Diklat Keuangan tersebut pada akhirnya dibuatkan laporannya oleh Sekretariat Badan secara berkala, baik triwulanan, semesteran, maupun tahunan.

Sekretariat Badan mengkoordinasikan penyusunan rencana strategis (renstra), rencana kerja (renja), rencana kerja tahunan (RKT), indikator kinerja utama (IKU), LAKIP, dan rencana kerja anggaran kementerian/lembaga(RKA K/L) BPPK.

Sekeretariat Badan juga melakukan pembinaan administrasi dan pengembangan kompetensi Sumber Daya Manusia, pelaksanaan urusan keuangan, koordinasi dan pemantauan tindak lanjut hasil pemeriksaan aparat pengawasan, pengelolaan, dan penyajian data dan informasi pendidikan dan pelatihan di bidang keuangan, pelaksanaan urusan hubungan masyarakat, pelaksanaan urusan tata usaha, rumah tangga, dan pengelolaan aset BPPK secara optimal.